בשנת 1798 הטילה ממשלת צרפת על נפוליאון לכבוש את מצרים מידי הבריטים. מטרתו העיקרית של מסעו הייתה לנתק את בריטניה, אויבתה של המהפכה הצרפתית מהודו . . . ב־19 במאי 1798 יצא נפוליאון לדרכו. אניותיו הפליגו מנמל טולון כשהן נושאות עמן כשלושים וחמישה אלף חיילים.
תחילה הגיע נפוליאון למצרים וכבש אותה ,אך כאשר הצי האנגלי בפיקודו של האדמירל נלסון תקף ,הצי הצרפתי הושמד והצבא הצרפתי נותק מצרפת. לאחר מכן נפוליאון החל לנוע לאורך חוף הים התיכון ,הוא כבש את כל ערי החוף שהיו באותה תקופה. לאחר מכן נע צפונה והגיע לארץ ישראל, שם כבש את חיפה ועמק יזרעאל. נפוליאון ניסה לשים מצור על עכו אך משנכשל, הוא אסף סביבו כ-500 אנשים ונסע לצרפת אך עיקר הצבא נשאר במצרים .
למרות הכישלונות של נפוליאון במזרח התיכון, הוא נחשב לאדם שיכול להנהיג את צרפת ולפתור את בעיותיה. בשנת 1799 מונה למפקד הצבא וב18 בחודש ברימר ביצע נפוליאון הפיכה ועלה לשלטון.
בשנת 1800 כבש את צפון איטליה מדי האוסטרים בשנית, בזמן זה גם ביסס את מעמדו בצרפת והחזיר את היציבות למדינה. הוא עשה מספר שינויים במערכת החינוך,המשפט ומערכות השלטון. בשנים אלו נוצר גם "קוד נפוליאון" שריכז את זכויות אזרחי המדינה. בשנת 1802 הגיע להסכם עם הכנסייה ובה הדת הקתולית הוכרה כדת של המדינה ומינוי אנשי הכמורה נשאר תפקידו של נפוליאון. ב2 בדצמבר 1804 נפוליאון הכתיר את עצמו לקיסר של צרפת בברכת האפיפיור,במהלך הטקס נפוליאון הניח לעצמו את הכתר ואחר כך הכתיר את אשתו.
